1964年朱同德從蘇聯留學回國后就在中央音樂學院當了助教，開始了他的教學生涯。相比于其他同齡人，他趕上了好的機遇，成了一名海歸音樂家，但同時也趕上了文化大革命。文化大革命對于從事專業研究的人是最大的損失，將最年輕最美好的黃金時間徹底浪費了。朱同德在文化大革命開始后就被派往大興搞“四清”運動，將他的黃金歲月揮霍在了文革的運動當中。好在在文化大革命后期，他又一次得到了機遇的眷顧：一天，學校的工宣隊通知他：“趕快拿著樂器去電影廠。”當時看那著情形似乎一分鐘也等不了，他慌忙趕到了電影廠，錄音棚里坐了一個大樂隊，原來是中央交響樂團需要招人排樣板戲。當時的中央交響樂團有兩個長笛隊，但是仍不夠用，等朱同德到了電影廠時，所有的人都坐滿了，就缺長笛。于是，他被安排到了長笛席位，卻發現自己一點都不會吹長笛，眼睛看著譜子，就是不會吹。朱同德的心理感覺到了一陣恐慌，好幾年了，長笛幾乎沒有碰過，文化大革命中根本沒有機會從事專業工作。但是朱同德又是堅韌的，他跟著樂團一同排練，過了幾個禮拜才慢慢進入狀態，曾經的感覺又逐漸回到了他的身上。隨后，他又跟隨樂團一起開始拍電影《智取威虎山》，排練加上拍電影，一年多后，朱同德再次成了長笛中的佼佼者，徹底恢復到了文革之前的狀態。
       這時，上海音樂學院的一些優秀的畢業生組織成一支樂隊到北京來接替中央樂團這個樂隊的工作，中央樂團的樂隊專門拍電影樣板戲。拍完電影后，朱同德因為優異的表現，便讓上海音樂學院的老師、后來的文化部部長于回勇（于會泳）看中。當時于回勇（于會泳）非常看重留學回來的朱同德，非要借調到上海，當時提出要朱同德一起去上海。朱同德心里非常矛盾，他實際還是希望在北京發展，畢竟北京市他熟悉的城市，有他的親人與朋友。于是他推薦他的一個學生去，但是上海方仍是執意要借調朱同德。無奈，朱同德便被借調到了上海去匯報演出后，演出結束后，朱同德便被直接留在了上海樣板戲團，成了重點培養對象，如此一呆便是七年。這七年對于朱同德來說，雖然學到了很多知識，但在生活上也造成了很大的困擾。他的愛人、孩子與朋友都在北京，他開始了漫長的兩地分居時光。不過，朱同德心里很清楚，國家耗費了財力物力培養了自己，自己就應該服從組織的分配，既然上海需要自己，自己就應該踏踏實實地在工作崗位上努力工作。這七年，成了朱同德人生中的借調傳奇。
       知道音樂學院復課之后，中央音樂學院想讓朱同德回來執教，因為復課之初學校非常缺少教學人才，但是上海音樂學院還是舍不得放朱同德這個人才離開，于是朱同德就成了長笛界的香餑餑，被兩個高等音樂學府爭來搶去，若干次協商都沒有達成結果。最后，中央音樂學院的趙沨院長就在與上海交涉時提出：“能不能把朱同德再倒借回來。”但是，上海音樂學院還是不想讓人才流失，因為那個年代的留學生極少，非常稀缺，因此蘇聯留學回來的朱同德就變得異常搶手。此事到了這個地步，文化部不得不出面干涉，一份紅頭文件將朱同德調回文化部重新分配給中央音樂學院，這樣朱同德才回到北京。